Durante la dominación musulmana su posesión fue continuamente disputada por los Banu Sabrit de Huesca y los Banu Qasi de Lérida. En el siglo XI pertenecía a los Banu Hud y fue tomada por el Cid en 1083.
Su conquista por los cristianos era necesaria para cortar las comunicaciones entre los reinos musulmanes de Zaragoza y Lérida, hecho que se llevó a cabo en mayo de 1089 por el infante Pedro, hijo de Sancho Ramírez y futuro Pedro I .
Se creó entonces el «reino» de Monzón, que incluía un territorio hasta la Clamor de Almacellas por el este y casi hasta Fraga por el sur. Tras esta primera ocupación que duró hasta 1126 pasó a manos musulmanas durante cuatro años, pero desde 1130 hasta 1136 era de nuevo ocupada por los aragoneses, que volvieron a perderla entre 1136 y 1141, fecha en que se reconquistó definitivamente.
Su conquista por los cristianos era necesaria para cortar las comunicaciones entre los reinos musulmanes de Zaragoza y Lérida, hecho que se llevó a cabo en mayo de 1089 por el infante Pedro, hijo de Sancho Ramírez y futuro Pedro I . Se creó entonces el «reino» de Monzón, que incluía un territorio hasta la Clamor de Almacellas por el este y casi hasta Fraga por el sur. Tras esta primera ocupación que duró hasta 1126 pasó a manos musulmanas durante cuatro años, pero desde 1130 hasta 1136 era de nuevo ocupada por los aragoneses, que volvieron a perderla entre 1136 y 1141, fecha en que se reconquistó definitivamente.
Durante el siglo XII la rigieron entre otros tenentes el infante Ramiro de Navarra, Tizón y García Ramírez antes de su proclamación como rey navarro. En 1143 Ramón Berenguer IV consiguió que la orden del Temple cediera sus derechos sobre el reino aragonés tras el testamento de Alfonso I a cambio de los castillos aragoneses de Monzón, Chalamera y Montegaudio, además de otros en Lérida y diversas rentas.
A partir de este momento la encomienda templaria de Monzón se convirtió en la principal del reino de Aragón y sus dependencias incluían Armentera, Chalamera, Cofita, Estiche, Litera, Ribera, Zaidín y la propia villa de Monzón.
Su primer comendador fue Guillermo de Albaix, entre 1163 y 1167.
El castillo fue residencia obligada de Jaime I durante su minoría de edad bajo la custodia del Temple. Tras la suspensión papal de esta orden, algunas de las encomiendas resistieron, entre ellas la de Monzón que fue tomada en 1309, siendo su comendador Berenguer de Bellvis. La encomienda de Monzón se convirtió a partir de 1317 en una posesión sanjuanista, aunque el Hospital fue poco a poco perdiendo su autoridad sobre ella. En numerosas ocasiones fue sede de las Cortes Generales de los Estados de la Corona de Aragón.
La villa de Monzón, que a fines del siglo XV tenía unos 1.400 habitantes, contaba en 1787 con 2.781 pobladores. Los avatares del siglo XVII —pestes, epidemias , malas cosechas, guerras, etc.— fueron particularmente penosos para la población montisonense, que se vio gravemente afectada por los sucesos de la guerra de catalana (1640-1652) y de la guerra de Sucesión española (1700-1715), períodos en que la villa quedó prácticamente deshabitada.Era la agricultura la base económica fundamental de los montisonenses. Numerosas acequias procedentes de los ríos Sosa y Cinca regaban más de 1.500 cahizadas de los términos de Monzón.
Ignacio de Asso informa que sus frutos eran muy famosos, en especial «sus guindas y cerezas, de gran tamaño, los melocotones manzanos, las manzanas Imperiales o comadres de figura prolongada, y una especie exquisita de ciruelas amarillas con algún tinte encarnado». De la importancia que en esta época tenía la agricultura da idea el hecho de que, en 1787, frente a 53 artesanos y 20 comerciantes, hubiera en el lugar 195 labradores y 258 jornaleros, además de 80 criados.
Pertenecía la villa a la orden de San Juan de Jerusalén, que, además de poseer distintas partidas en su término, tenía plena jurisdicción sobre la misma, eligiendo todos los cargos concejiles y administrando justicia según los Fueros del Reino.
El año 1626, durante el reinado de Felipe III , fueron los valencianos quienes se reunieron en Monzón. Felipe V de Castilla convocó Cortes en 1701, pero no llegaron a celebrarse.
El lugar donde se reunían los estamentos era la iglesia de Santa María, acondicionada previamente. La fisonomía de la villa cambiaba completamente durante las Cortes. La presencia de los monarcas, su séquito, los altos dignatarios eclesiásticos y la nobleza, acompañados de sus numerosos servidores, conjunto de personas que apenas si podían encontrar alojamiento, hacía de Monzón un lugar bullicioso y festivo.
En el siglo XVII la villa pasaría por graves dificultades, como consecuencia de los desastres sufridos durante la guerra de Secesión catalana . A comienzos de 1641 tropas francocatalanas mandadas por La Motte cercaban la villa y su castillo. A pesar de la tenaz resistencia ofrecida por la guarnición y los montisonenses, la falta de víveres y, sobre todo, de agua forzó la rendición seis meses después. Durante la ocupación francesa, que se prolongó más de un año, el lugar se denominó Villafranca de La Mota. Tropas aragonesas y castellanas y aragonesas a las órdenes de Felipe de Silva asediaron el castillo, tomándolo para Felipe III el 4-XII-1642, festividad de Santa Bárbara, desde entonces conmemorada en Monzón.
La villa había quedado despoblada y sus casas y campos destruidos. La recuperación, dificultada por las calamidades de la centuria, se vio interrumpida por la guerra de Sucesión . El castillo, afecto inicialmente a Felipe V , fue tomado por tropas del archiduque Carlos , y recuperado dos años más tarde por los filipistas. Un nuevo intento del archiduque en 1710 volvió a provocar el éxodo masivo de los montisonenses, que regresarían un año después. A lo largo del siglo XVIII, centuria de prosperidad, la villa fue recuperándose de los desastres anteriores.
Iniciada la guerra de la Independencia , Monzón y su castillo, tras una serie de alternativas, fueron definitivamente ocupados en 1809 por las tropas francesas, que permanecerían en la fortaleza hasta 1814, debiendo rendirse ante Mina después de resistir heroicamente su asedio durante cinco meses. Los turbulentos vaivenes de la política española del siglo XIX encontraron fiel reflejo en Monzón y su comarca, que a lo largo de la primera mitad de la centuria estuvieron incesantemente recorridas por bandas de guerrilleros, cuadrillas de apostólicos como las del barón de Eroles o «el Trapense», partidas carlistas , una de ellas mandada por el propio Pretendiente, o tropas isabelinas.
En la segunda mitad del siglo XIX, renacida la paz en la comarca, se asentaron las bases que iban a permitir la profunda transformación experimentada por Monzón en la centuria siguiente.
La construcción de la línea férrea Zaragoza-Lérida, la primera construida en Aragón, propició el desarrollo de un notable comercio maderero. Otro de los factores de cambio de Monzón, que había conseguido el título de ciudad por un decreto real en 1878 fue la iniciación y culminación de las obras del canal de Aragón y Cataluña.
La ampliación de la superficie regada, tanto en Monzón como en los pueblos limítrofes, favoreció un profundo cambio en los cultivos, introduciéndose a gran escala la remolacha azucarera , lo que favorecería la instalación de una fábrica azucarera en 1925. El incremento de los rendimientos agrícolas, la creación de pequeñas industrias, las exigencias de mano de obra creadas por las obras de construcción del ferrocarril y del canal de Aragón y Cataluña favorecieron el aumento de la población de Monzón, que de los 2.871 habitantes del año 1787 pasó a 4.352 en las vísperas de la guerra civil .
En la segunda mitad del siglo XIX, renacida la paz en la comarca, se asentaron las bases que iban a permitir la profunda transformación experimentada por Monzón en la centuria siguiente.
La construcción de la línea férrea Zaragoza-Lérida, la primera construida en Aragón, propició el desarrollo de un notable comercio maderero. Otro de los factores de cambio de Monzón, que había conseguido el título de ciudad por un decreto real en 1878 fue la iniciación y culminación de las obras del canal de Aragón y Cataluña.
La ampliación de la superficie regada, tanto en Monzón como en los pueblos limítrofes, favoreció un profundo cambio en los cultivos, introduciéndose a gran escala la remolacha azucarera , lo que favorecería la instalación de una fábrica azucarera en 1925. El incremento de los rendimientos agrícolas, la creación de pequeñas industrias, las exigencias de mano de obra creadas por las obras de construcción del ferrocarril y del canal de Aragón y Cataluña favorecieron el aumento de la población de Monzón, que de los 2.871 habitantes del año 1787 pasó a 4.352 en las vísperas de la guerra civil .Al producirse el levantamiento militar en el año 1936, Monzón permaneció fiel a la República. C.N.T. y U.G.T. se hicieron con el control del Consejo Municipal. La U.G.T. socializó el ramo de la construcción y la C.N.T. hacía lo propio con la azucarera, al tiempo que organizó una colectividad agraria que llegó a incluir a unas mil personas, en su mayoría campesinas. Las fuerzas del general Franco ocupaban la ciudad en la primavera de 1938.
